La vía de síntesis de los ácidos grasos ocurre en el citoplasma, mientras que su oxidación sucede en la mitocondria. La otra diferencia importante es el uso de co-factores nucleotidos. La oxidación de las grasa incluye la reducción del FAC+NAD+, las síntesis de las grasas involucra la oxidación de NADPH sin embargo la química esencial de los dos procesos son el reverso uno del otro. Tanto la oxidación como la sintesis de la grasa utilizada un intermediario activado de dos carbonos, acetil. Sin embargo, la acetil COA en la sintesis de la grasa esta temporalmente unida al complejo encimatico como malonil-COA.
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